Audit mutu internal (AMI) merupakan salah satu persyaratan yang harus dipenuhi oleh Perguruan Tinggi sebagai bentuk refleksi evaluasi diri yang dilakukan oleh institusi itu sendiri. Audit mutu internal ini dimaksudkan untuk meninjau tingkat kesesuaian dan efektifitas penerapan sistem manajemen mutu yang telah ditetapkan dan menjadi dasar arah strategi dan sasaran mutu UNISA Yogya yang ingin dicapai dan tertuang dalam Manual Mutu. Pimpinan UNISA Yogya juga memastikan penetapan proses audit internal berjalan dengan efektif dan efisien untuk mengakses kekuatan dan kelemahan sistem manajemen mutu.
Proses Audit Internal berfungsi sebagai alat manajemen untuk asesmen mandiri terhadap semua proses atau kegiatan yang telah diselenggarakan oleh UNISA Yogya dan ditunjuk dalam sistem manajemen mutu.. Proses Audit Internal dengan menyediakan perangkat untuk memperoleh bukti objektif bahwa persyaratan klausul-klausul ISO 9001:2015 dan ISO 21001:2018 yang ada telah dipenuhi, karena audit internal menilai keefektifan dan efisiensi.
Audit mutu internal ini, penting dan wajib dilakukan UNISA Yogya yang mengimplementasikan sistem manajemen mutu, untuk memastikan dilakukannya tindakan perbaikan sesuai hasil temuan audit internal yang telah dilakukan. Pembukaan Audit mutu internal ini telah dilakukan pada Senin 16 Agustus 2021 dengan dihadiri oleh seluruh Pimpinan Universitas, Pimpinan Fakultas, Ketua dan Sekretaris Program Studi, Pengendali Sistem Mutu Fakultas dan Pengendali Sistem Mutu Program Studi serta seluruh auditor. Tema Audit Mutu Internal Periode Agustus 2021 adalah Menuju peningkatan mutu Perguruan Tinggi mendukung tercapainya sasaran strategis UNISA Yogya berkembang fase pertama.