Mutu menjadi prioritas utama dalam semua kegiatan yang dilakukan Universitas Aisyiyah Yogyakarta (UNISA). Penjaminan mutu menjadi tanggung jawab semua pihak sesuai fungsi dan kedudukan di UNISA. Komitmen menjadi kunci keberhasilan penerapan Sistem Penjaminan Mutu. Komitmen bukan sekedar dukungan saja tetapi lebih jauh berkaitan dengan tanggung jawab, tindakan dan mau terlibat didalam penerapan Sistem Penjaminan Mutu tersebut.
Sistem Penjaminan Mutu (SPM) UNISA, merupakan bagian dari manajemen universitas yang tidak terpisahkan dengan tanggung jawab Rektor, Wakil Rektor, Dekan, Wakil Dekan, pimpinan jurusan/prodi , pimpinan lembaga, kepala badan, kepala unit, dan prodi sebagai pengelola manajemen. Desain dan Implementasi SPM UNISA didasarkan dan menggunakan Konsep Quality Manajemen System (QMS) ISO 9001:2015 dan ISO 21001:2018, Quality Assurance System (QAS) dan Total Quality Manajement (TQM) dengan berorientasi pada Visi, Misi dan Tujuan UNISA serta persyaratan dan harapan pelanggan/stakeholders UNISA.
SPM UNISA dirancang dan dilaksanakan untuk menjamin penerapan Sistem Jaminan Mutu Pada Bidang pendidikan dan pengajaran/akademik, penelitian, pengabdian pada masyarakat, dakwah Islamiyah dan bidang penunjang lain dalam rangka mencapai Kebijakan Mutu, Sasaran Mutu dan Rencana Mutu yang di tetapkan.
Penerapan SPM ditingkat universitas, dekanat, jurusan/program studi dan unit-unit pelaksana lainnya dilakukan untuk menjamin kesesuaian dan kepastian terhadap Norma, Standar, Pedoman, Peraturan dan Manual mutu yang berlaku di UNISA, yang mencakup Kebijakan Mutu, Sasaran Mutu dan Rencana Mutu, Manual Mutu, Posedur Mutu, peraturan akademik, kompetensi lulusan, proses pembelajaran, sumberdaya lain, serta memenui harapan, persyaratan dan kepuasan pelanggan/stakeholders UNISA.
Penerapan SPM di UNISA dimaksudkan untuk memastikan kemampuan UNISA secara konsisten menghasilkan produk jasa pendidikan yang memenuhi kebutuhan dan persyaratan pelanggan dan stakeholder, visi, misi, dan tujuan UNISA, memenuhi persyaratan hukum yang berlaku dan memberikan kepuasan pada pelanggan dan stakeholders, peningkatan kinerja unit/lembaga, peningkatan proses yang berkelanjutan pada semua bagian di lingkungan UNISA.
Wadah penjaminan mutu dibentuk dan disahkan dengan SK Ketua STIKES N0 18/SK-STIKES/IV/Au/ 2008 dengan nama Badan Penjaminan Mutu (BPM). Berdasarkan SK No. 61/SK-STIKES/Au/XI/2012 bernama Badan Penjaminan Mutu dan Pengembangan (BPMP). Berdasarkan Keputusan Rektor Universitas Aisyiyah Yogyakarta No. 3/KR-UNISA/Au/III/2016 bernama Badan Penjaminan Mutu Universitas Aisyiyah Yogyakarta (BPM-UNISA).
Dalam perkembangannya Badan Penjaminan Mutu dioptimalkan dengan Koordinator Pangkalan Data dan Dokumen, Koordinator Penjamin Mutu Internal (IQA) dan Koordinator Penjamin Mutu Eksternal (EQA). Selanjutnya untuk menjamin mutu seluruh komponen terdapat penjaminan mutu pada tingkat Fakultas yang disebut PSMF (Pengendali Sistem Mutu Fakultas) dan penjaminan mutu pada Program Studi yang disebut PSMP (Pengendali Sistem Mutu Prodi).
